O Clube Atlético Assisense foi fundado em 1995, como um clube amador, por pais de alunos da Escolinha de Futebol Peraltinha, que na época tinha uma parceria com o Cruzeiro, de Belo Horizonte (MG). Desde sua fundação, o time adota o azul e branco como suas cores oficiais, em homenagem ao clube mineiro e também à bandeira do município de Assis.

Também o escudo é o mesmo adotado desde a fundação, com o brasão da cidade de Assis no centro e um círculo com o nome da equipe e o ano de fundação. O apelido do clube em Assis é “Falcão do Vale”, já que a cidade está situada no Vale do Paranapanema, na parte oeste do estado de São Paulo. A escolha da ave como símbolo do Assisense é por ser um animal forte e robusto.

O clube profissionalizou-se em 2003, quando a equipe participou da Série B3 (sexto nível, sem equivalência atual) do Campeonato Paulista, sendo eliminada ainda na primeira fase. No ano seguinte, o Assisense ganhou corpo na cidade e um forte patrocínio, montando um elenco competitivo. Nas duas primeiras fases da Série B2 (quinta divisão), a equipe liderou seus grupos. O acesso à Série B1 era dado como certo. Mas na terceira e decisiva fase, o time pareceu ter sentido a pressão e decepcionou.

Por causa do baque de 2004, o Assisense não teve o mesmo apoio no ano seguinte, tanto por parte dos empresários, quanto da torcida. Novamente, o clube teve um bom início na competição estadual, sendo eliminado na segunda fase.

Em 2005, a Série B do Paulistão foi unificada e recebeu seu nome atual de Segunda Divisão. Desta forma, o Assisense passou do quinto para o quarto nível do futebol paulista. Naquele ano, o clube fez novamente uma boa campanha, sendo eliminado na segunda fase. Em 2006, sem patrocínio, o time não conseguiu passar da primeira fase na Segunda Divisão. A história se repetiu em 2007, com a eliminação ainda na etapa inicial.

Entre 2006 e 2007, o Assisense passou a investir nas categorias de base, participando do Campeonato Paulista Sub 20 – Segunda Divisão e desde então tem revelado bons jogadores, que passam a compor o elenco profissional. Também em 2008 e 2009, o Assisense não conseguiu chegar à segunda fase da Segunda Divisão